
Final Fantasy XI nasce come idea moltissimo tempo fa, quando ancora esisteva la Squaresoft. Tanaka e Sakaguchi erano al lavoro in uno studio alle Hawai sul primo film in CGI di Final Fantasy (progetto che indebolì enormemente la ditta e portò alla successiva fusione con la Enix). Nel 2000 il team iniziò a giocare nel tempo libero a EverQuest, un MMORPG rilasciato nel 1999. Dall'esperienza di EverQuest ma anche la transizione da PlayStation a PlayStation 2, una console che permetteva effettivamente il gioco in rete, venne l'ispirazione di provare a sviluppare un MMORPG dedicato alla serie Final Fantasy. Il vero punto di svolta fu però l'introduzione dell'hard disk come accessorio della PlayStation 2, che permetteva ad un gioco come un MMORPG di ricevere effettivamente degli aggiornamenti e non basarsi unicamente sui dati statici presenti sul disco.
Il team di sviluppo raccolto superava enormemente le dimensioni dei team che lavorarono in precedenza alle serie Mana e Final Fantasy e venne diviso in quattro o cinque squadre. Gli sviluppatori che parteciparono al progetto avevano appena finito i lavori di altri storici titoli SquareSoft, come Parasite Eve II e Chrono Cross. Shinichi Kameoka (dal team di Mana) cominciò il lavoro sugli artwork di FFXI, mentre Masato Kato (dal team di Chrono Cross) cominciò il lavoro sulla storia generale del gioco. Infine si unì il team di Mana, che aveva concluso lo sviluppo di Legend of Mana. Particolarità sullo sviluppo fù di imporre ai membri del team di sviluppo di giocare ad un paio di mesi ad Everquest, mossa che probabilmente decretò poi il successo del gioco. Una manovra del genere avrebbe probabilmente salvato dal fallimento la prima incarnazione di Final Fantasy XIV, gioco poi "salvato" da un directo con una effettiva esperienza di gioco nel mondo dei MMORPG, ovvero Naoki Yoshida.
Sakaguchi decise di intitolare il titolo Final Fantasy XI, anziché Final Fantasy Online, Final Fantasy World o con altri nomi per evitare che il pubblico lo percepisse come uno spin-off. Considerando come in Europa ben pochi utenti avessero la propria console attrezzata per il gioco in rete, i dirigenti provarono durante lo sviluppo ad imporre un cambio di nome per paura che molti fan potessero perdersi un capitolo maggiore della serie. Durante la discussione Sakaguchi lasciò Squaresoft nel 2001, ma Matsui riuscì a difendere il nome scelto anche dalle ingerenze del presidente della compagnia del tempo, Yoichi Wada.
Il coinvolgimento diretto di Sakaguchi si limitò però a fornire diversi fogli in formato A4 con su diversi appunti sulla sua esperienza nel giocare EverQuest, definendo che tipologia di gioco voleva che fosse sviluppata, focalizzandosi maggiormente sullo sviluppo della piattaforma online, PlayOnline, su cui si basava il servizio di account e pagamento. Si tratta del predecessore storico della MogStation e dell'account Square Enix usato nei recenti titoli, come Final Fantasy XIV. I piani iniziali prevedevano che la piattaforma dovesse essere utilizzata anche come libreria online per i manga, servizio di streaming per la musica e trasmissione per gli eventi sportivi.
Final Fantasy XI è al momento disponibile unicamente per PC. Su console fu disponibile su PlayStation 2 ed Xbox 360 fino al termine dei servizi online, cessati da diversi anni.

