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Secondo quanto divulgato da Gameinformer, sembra che anche Metro Exodius, come i predecessori Metro 2033 e Metro Last Light, avrà un particolare sistema di karma che influenzerà le azioni del protagonista. Come nei precedenti capitoli, non ci sarà alcune notifica se l'azione svolta avrà un risvolto positivo o negativo: Per esempio nel primo capitolo è possibile trovare un enorme Nosalis a guardia di quello che appaiono essere oggetti estremamente utili, come kit medici, maschere antigas e filtri. Uccidere la creatura svelerà che in realtà stava facendo la guardia alla propria nidata, facendo scoprire al giocatore di aver compiuto una azione negativa.

Exodius espanderà questo concetto, introducendo un sistema di relazioni con le fazioni più complesso: Nell'esempio posto nella demo giocata dai redattori di Gameinformer, non uccidere dei cultisti all'interno di una cattedrale, limitandosi ad evitarli o stordirli, sbloccherà in seguito una opportunità di rifornimento, avendo la possibilità di salvare il gruppo di cultisti da dei banditi, che ricompenseranno il protagonista svelandogli un luogo in cui è possibile trovare dei rifornimenti di valore. Non è chiaro se il conto delle uccisioni compiute avrà ancora una volta un peso sul finale, ma secondo quanto dichiarato dal creative director Andriy Prokhorov, "Otterrete quanto vi meriterete" .