La storia del gioco recita:
Fonte: GematsuRisolvere misteri è un hobby di famiglia! Con il professor Layton apparentemente introvabile, tocca a sua figlia Katrielle prendere in mano la situazione in LAYTON'S MYSTERY JOURNEY™: Katrielle e il complotto dei milionari.
La storia ha inizio quando Katrielle decide di fondare l'Agenzia Investigativa Layton a Chancer Lane con la speranza di riuscire a trovare qualche indizio sulla misteriosa scomparsa del padre. Mentre sfreccia per Londra sulla sua fidata bicicletta risolvendo casi improbabili, Katrielle rimane invischiata in una strana missione che la porterà per caso a scoprire il complotto dei milionari.
